激光扫描共聚焦显微镜平台目前拥有蔡司高分辨率激光共聚焦显微镜系统（Confocal laser scanning microscope，简称CLSM）一套。激光扫描共聚焦显微镜系统是在成象的基础上加装激光扫描装置，使用紫外光或可见光激发；利用计算机进行图象处理，从而得到细胞或组织内部微细结构的荧光图象，以及在水平上观察生理信号及细胞形态的变化。激光扫描共聚焦显微镜系统可满足多色免疫组化、细胞和组织免疫荧光等荧光成像实验的需要，特别是在蛋白的亚细胞定位、多靶标的共定位等方面具有普通荧光显微镜不具备的优势，此外本系统还配备了活细胞培养和观察模块，可满足边培养边观察的需求。